En los últimos días de abril, el libertador argentino ordenó a la flota una serie de desembarcos de tropa cerca del Callao y Lima, para desorientar a los españoles, a la vez que ordenó a Bouchard con los bergantines «Nancy» y «Livonia», que juntamente con Cocrhane pusieran sitio al Callao.
El 6 de junio, acosados por el hambre y la sed, parte de los españoles abandonaron la fortaleza del Callao y se evacuó Lima. El 10 de julio de 1821 San Martín Ingresó en Lima, mientras Cocrhane abandonaba nuevamente a las tropas de Miller en el sur y concurría al Callao
El 24 de julio Cocrhane atacó El Callao arrebatando tres naves a los españoles y hundiendo dos más. Según cita José Más en su «San Martín» el Almirante había iniciado negociaciones secretas con el jefe del Callao ( General la Mar ) para dejar escapar a los españoles contra la entrega de la tercera parte de los tesoros allí guardados.
El 28 de julio se proclamó la independencia del Perú y el 4 de agosto, Cocrhane informó a San Martín sobre la inquietud de la flota por el atraso del pago en los sueldos, amenazando con retirarse a Chile en el caso que no se le abonaran los salarios pendientes. El 2 de septiembre se ordenó a Cocrhane destacar personal de su marinería para reforzar el bloqueo terrestre al Callao pero desobedeció una vez más, al no mandar los refuerzos pedidos .
El 16 de septiembre, una división española abandonó la fortaleza, que quedó en manos de los patriotas. El mismo día Cocrhane se apoderó de los tesoros patriotas que, por órdenes de San Martín estaban en las naves «Jerezana» «Perla» y «Luisa» trasbordándolos al buque insignia ocupado por el escocés. Esta actitud del almirante originó una airada protesta de San Martín quien ordenó la inmediata restitución de los fondos del Gobierno del Perú sustraídos por Cocrhane. El almirante, notificado de la orden de San Martín, se negó a restituir los tesoros y con ellos comenzó a pagar los sueldos de su marinería.
San Martín ordenó entonces al escocés, que se dirigiera a Chile, a ponerse a las órdenes de O’Higgins (recordemos que la escuadra estaba bajo bandera chilena) para ser sometido a juicio por su acto de piratería. Cocrhane desobedeció una vez más, retiró la flota del puerto del Callao y se hizo a la mar, no hacia el sur como estaba ordenado, sino hacia el norte para iniciar el corso por su cuenta en Méjico. Por ello, el Protector del Perú, designó como jefe de la flota peruana al almirante Guise, pero ante la renuncia de éste debió hacerse cargo Blanco Encalada, y como segundo a Bouchard.
En marzo de 1822 San Martín toma conocimiento que Cocrhane estaba de regreso de su crucero hacia Méjico y que en Guayaquil, se había apoderado de la nave «La Venganza» adquirida recientemente por el gobierno de Perú, con la excusa de que existían diferendos » con el Protector del Perú.
El 25 de abril el escocés intentó ingresar al puerto del Callao. San Martín ordenó a Bouchard que son sus naves y los cañones del fuerte, apuntaran a los barcos del corsario y le impidieran la entrada al puerto. Ante esta situación, Cocrhane no desembarcó, limitándose a remitir al protector, una nota quejándose que en ningún puerto de la costa peruana se le había dado ni agua ni comida, violando así las leyes del mar. San Martín le respondió que debía retirarse inmediatamente y cumplir las órdenes que se le habían impartido oportunamente ( volver a Chile y someterse a juicio por piratería, ante O’Higgins)
El 10 de marzo, dolorido, Cocrhane zarpaba rumbo a su nuevo destino : otra guerra. En carta a O’Higgins» escribía : San Martín acaba de echar a un lado la pompa exterior de Protector… Chile debe establecer un gobierno sobre bases sólidas que no puedan bambolear con la caída de la actual tiranía que rige en el Perú, de la cual no solo hay indicios, sino que su resultado es inevitable…»
Cocrhane nunca restituyó el tesoro de los patriotas del Perú que había sustraído y tampoco se presentó al juicio ordenado por San Martín. Por el contrario, fué contratado por don Pedro I de Brasil (que recientemente se había independizado de Portugal) para construir y dirigir una poderosa flota con la que, durante dos años atacó permanentemente y derrotó a las fuertes naves y posiciones portuguesas en Brasil, obligándolas a retirarse.
Al vencer su contrato, se retiró a Inglaterra y se dedicó a escribir sus «Memorias» donde fustigaba ,sin cesar, duramente a San Martín. Murió gozando de sus riquezas, en 1860.
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